페스트의 원인균은 예르시니아속(Yersinia) 장내세균과(Enterobacteriaceae)에 속하는 그람 음성 소형 다형성 비운동성 간균인 예르시니아 페스티스(Yersinia pestis)입니다. 점액성 피막을 가지고 있으며 포자를 형성하지 않습니다. 통성 혐기성 세균입니다. 양극성 아닐린 염료(가장자리에서 더 진하게 염색됨)로 염색됩니다. 이 페스트균에는 쥐, 마멋, 고퍼, 들쥐, 저빌 변종이 있습니다.
예르시니아증의 원인균은 장내세균과(Enterobacteriaceae)에 속하는 그람음성 간균인 예르시니아 엔테로콜리티카(Yersinia enterocolitica)입니다. 이 균은 저온성 및 빈영양성을 가진 종속영양성 통성 혐기성 미생물입니다. "배고픔"을 느끼는 환경과 영양분이 고갈된 환경에서 자랍니다.