질병 초기 단계에서는 윤기가 없고 흐릿한 점막을 배경으로, 흰색 과립으로 둘러싸인 미란-아프타(진드기)가 관찰됩니다. 장 벽의 내강에는 점액과 고름이 관찰됩니다. 질병이 진행되고 진행 속도가 증가함에 따라 점막이 고르지 않게 두꺼워지고 흰색을 띠며, 큰 궤양(표층 또는 심부)이 나타나며, 종종 세로 방향으로 발생하고 장 내강이 좁아지는 현상이 관찰됩니다(자갈길 사진).
크론병의 원인은 아직 밝혀지지 않았습니다. 이 질환의 감염성에 대한 논의가 가장 활발합니다. 크론병은 바이러스, 클라미디아, 예르시니아, 그리고 장내 미생물군증(비피도박테리아 수의 감소와 동시에 병원성 장내세균, 혐기성 미생물, 그리고 잠재적으로 병원성을 가진 대장균 균주의 수가 증가하는 현상)과 관련이 있는 것으로 추정됩니다.
